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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > 互联网临床药理学阐述草酸钙肾结石阳极氧化应激反应和细菌感染破损管理机制

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿控制模式常用见的发病组成。肾安排中CaOx硫化锌过过剩火成岩会引致肾小管上皮细胞受损和凋亡,因而引致肾结石的生成。短链肌肉多酸由可以使肠胃内活性污泥沙门氏菌发孝饮食玻纤导致,不但在边缘可以使肠胃天然屏障中充分利用使用,同时还在控制模式层次上也充分利用要素使用。这之中,丁酸是最多种多样的短链肌肉多酸,具有着抗感染和免疫系统阻止使用,本探析研究综述丁酸对CaOx肾结石的使用和其潜在性的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院医生泌尿产科吴忠硕士生导师、周子健研究生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠老师、周子健博士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱海洋生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网路临床药理学提供服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

篇文章明称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 老客户组织:华山医院门诊 研究探讨文本:大鼠、HK-2肿瘤细胞 分成小组的信息:照表组(Con)、建模组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱具备技術:网药理学学检测工具

策略流量图

研究方案后果

科学研究探讨技术人员应当整合大鼠建模方法,实现生物学什么是生化指标图和策划 疾病学印染等科学研究探讨方法手段出现丁酸就能够提高CaOx建模方法大鼠肾CaOx硫化锌的造成和板材损害,缓解CaOx建模方法大鼠的疾病板材损害和被氧化物材料的频繁传达。不但,丁酸还可能够抑制草酸引诱的HK-2癌细胞系板材损害、被氧化物应激状态和癌细胞系凋亡。 为探究性丁酸架构和靶什么是表观遗传组电脑wifi无线网洛,研究方案的人员从PubChem获得丁酸和丁酸酯的二维和三维图架构(图1A)。确认PharmMapper数值库和Uniprot数值库治理后共需求出114个丁酸靶什么是表观遗传组供进一点通过探讨。将什么是表观遗传组列表框导进STRING数值库,通过PPI电脑wifi无线网洛通过探讨。Cytoscape明确了排顺的前20的核心区站站靶什么是表观遗传组的全面电脑wifi无线网洛图,及CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。以下核心区站站什么是表观遗传组与电脑wifi无线网洛中的一些什么是表观遗传组均表現出必然的涉及性,就说明以下什么是表观遗传组可能会性挥发着联合做用。GO和KEGG通过探讨阐释了丁酸核心区站站什么是表观遗传组的涉及手段和微生理学用途(图1C)。核心区站站什么是表观遗传组基本与类固醇的皮质激素对答、被氧化生理反应应激状态状态对答、化学上的活化氧肿瘤细胞对类固醇的皮质激素条件刺激的体现及对含酸性化学上的有机化合物的体现有关的。所讲所讲,以下核心区站站什么是表观遗传组基本参与到了被氧化生理反应应激状态状态和对化学上的活化氧的微动物体现整个过程,是肾结石演变成规则中至关首要的手段,这证明丁酸可能会性在肾结石中挥发首要做用。

图1| 丁酸形式与靶dna电脑网络了解(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一个步骤打磨丁酸对CaOx肾结石当然切靶人类染色体,科学探析有关于人士借助GEO参数库对GSE73680中营养参考与CaOx肾结石爱美者的人类染色体异同做了科学探析。参考组与CaOx结石爱美者的取得性异同表答出人类染色体(DEGs)检测标准化为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个人类染色体做出取得变,在这当中3379个(89.4%)人类染色体表答出调涨,404个(10.6%)人类染色体表答出调整(图2A)。对DEGs做聚类分析法算法剖析,热图体现了前10个被选中DEGs的二维上下分层聚类分析法算法结构特征(图2B)。随即,科学探析有关于人士确认GeneCards参数库人工成本鉴定会了370个机会与CaOx肾结石有关于的人类染色体,综合排名前20位的精准预测人类染色体极其有关于性评级如图甲图示2C图示。重要在于取到丁酸诊治CaOx肾结石的重要靶点,科学探析有关于人士将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石有关于人类染色体加工取到好几个个Venn图。最中,CYP2C9被确认为丁酸后果CaOx肾结石的未知靶点(图2D)。于此,科学探析有关于人士还做了丁酸与CYP2C9的大分子交接,CYP2C9的二个蛋白质残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸相护目的,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在巧用网站临床药理学预估CYP2C9是丁酸干扰CaOx肾结石的靶基因组后,科学研究员还完成上皮细胞系测试表明了CYP2C9可降低了草酸引诱的HK-2上皮细胞系的ROS程度、细菌感染破损和凋亡。

图2| 绝大多数据库联和分享予测CYP2C9是丁酸功用于CaOx肾结石的靶染色体

科研没想到

本研究方案先要发觉丁酸在身体和人体均能压制CaOx肾结石模板的腐蚀应激状态状态和发炎病变拉伤,紧接着在数据网格药理学学学挑选拥有丁酸影晌CaOx肾结石的内在的靶点——CYP2C9,最后一个在组织进行实验灵魂存在CYP2C9在草酸盐诱发的HK-2组织ROS含量、发炎病变拉伤和凋亡。这部分发觉证实丁酸机会在压制CYP2C9来压制CaOx肾结石的腐蚀应激状态状态,改善发炎病变拉伤。一项工作中拜谱菌物展示了数据网格药理学学学新的技术业务,不但拜谱菌物可增进成长成熟的基因遗传组学、球高蛋白组学、代谢转化组学等几组学食品及新的技术业务,喜爱垂询详询! 考虑文献综述:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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