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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出比较广泛的生物技术活力，还包括抗恶性肿瘤和抵抗毒功用。平常，三萜是进行甲羟戊酸条件自动合成的，并从大自然草本花卉和真菌感染中去除。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论研究方案参考文献。该理论研究方案发现三萜类化学物质虫草酸（GA）是使用药液培養的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物技术应用有的。表明转录组和淀粉酶酶质组学能力进三步研究无柄虫草菌丝体中DHT有不同虫草酸（GA）的制度化，并表明几组学能力检则到的差别人类基因和差别淀粉酶酶，得出DHT 微生物技术生成 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和工作划分

借助对无柄虫草白色念珠菌菌丝体开展转录组测序共得出67230个转录本和14293个单人类dna组。在这样的单人类dna组中，494个被判定为不同之处展现人类dna组（DEGs），这里面213个展现上浮，279个展现下降（图1A）。GO丰度阐述后，DEGs涵盖生物工程全全时候中（BP）、人体人体细胞物质（CC）和分子式功能性（MF）3类。在BP专业种类中，会出现了前三子专业种类：抗菌药化解分泌转化全全时候中，乙酸盐分泌转化全全时候中和甲酸盐分泌转化全全时候中;而在CC专业种类中，人体人体细胞外区、突触分手后复合体、突触架构是前三亚类。而言MF专业种类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、脱色回归酶生物和酸氨（或酰胺）进行连接酶生物是前三亚专业种类（图1B）。在DEGs的KEGG径路阐述中，前30条丰度度最好的径路中含27条都是分泌转化，这里面二氧化氮分泌转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌转化、丙酸盐分泌转化的信号径路偏态丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和功用划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体实现蛋清酶质组学研究，总计判别了16,457种个性肽、2606种蛋清酶质和2588种定量介绍蛋清酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰必备条件下，你在2606种蛋清酶质中，94种被检测为文化差异化表达方法方式蛋清酶（DEPs），至少52种调涨，42种变动（图2A），图2C凸显了文化差异化表达方法方式蛋清酶的聚类介绍法研究热图。从GO研究方面看，BP类型凸显，几乎数DEPs直接参与冰醋酸盐基础新陈消化吸收转化转化的步骤、抗生素类拆解基础新陈消化吸收转化转化的步骤和药材拆解基础新陈消化吸收转化转化的步骤。CC类DEPs在生殖内部外区、过脱色物酶体和微体中占到数量高，脱色呈现酶抗逆性氧和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性氧在MF类中DEPs的数量高（图2B）。与转录组但是差不多，KEGG通道研究凸显，大多DEPs在基础新陈消化吸收转化转化中丰度，至少3条最丰度的方式是光合菌物体中的碳稳定、碳基础新陈消化吸收转化转化和MAPK信号灯通道（图2D）。凡此种种，完成研究GO数据库系统库的CC对DEPs实现亚生殖内部分析一下研究和引用（图2E），DEPs通常分布不均在生殖内部质（40.66%）、生殖内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs菌物体结合的通常地理位置。

图2|蛋清质组的定量分享分享和职能印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物图片转换和对比组得票率DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个区别表示遗传染色体（图3A）。对转录组和球营养素组中E组和C组共分的DEGs/DEPs做好聚类定性分析一下定性分析一下，发觉mRNA和球营养素相互有16个调涨遗传染色体和6个调低遗传染色体，DEGs各自译员的DEPs表示平均水平呈正重要性，特征提取Pearson的重要性弹性系数定性分析一下，在转录组和球营养素组相互测试到取决于较高的重要性性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测结局呈现，E组和C组1多个DEGs的表述平均水平对比分析取得，另外9个为调涨DEGs，多个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表述大趋势与转录类物质析结局不符。

图3|血清质组的降钙素原检测分享和职能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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