肾细胞癌（RCC）是世界范围内最常诊断的十种癌症之一，包括一系列广泛的组织学和遗传学亚型。透明度受损生殖细胞肾受损生殖细胞癌（ccRCC）占肾癌死亡案例的75%。虽然局部ccRCC的治疗是手术切除或消融，但疾病晚期的治疗选择受到化疗耐药性的限制，导致研究驱动的靶向治疗出现。酪氨酸激酶抑制剂和免疫检查点抑制剂的组合治疗已证明有效果。然而，这些治疗对肿瘤抑制和个体患者存活率的影响不同，这意味着需要新的选择来改善患者的预后。

202两年1月份9日，法国华盛顿一本大学的丁莉（LI Ding）专家等在Cancer Cell发表了题为“Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness”的文章。该研究对213例患者的305个ccRCC肿瘤片段和166对邻近正常组织进行了组织安排方面的问题学、淀粉酶dna组学和分泌组学的综合分析，揭示90%以上的全透明上皮生殖细胞肾上皮生殖细胞癌的瘤内异质性、肉瘤样和横纹肌样的共同点还有UCHL1的生存率的价值。这项研究从分子水平对侵袭性组织病理学亚型进行了分层，以提供有效的治疗策略。

文章内容称呼：Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness

刊物：Cancer Cell

会影响细胞：50.3

收录时光：2023年1月

样板类行：305个肿瘤片段和166对邻近正常组织

组学技术工艺：定量蛋白质组+磷酸化蛋白质组+完整糖肽蛋白质组+靶向代谢组

研究分析构思

研发最终结果

01、单上皮细胞解析判定癌肿微的环境、肉瘤样和横纹肌样传达特殊性

著者前提是将213例ccRCC案例分成六种团队机构病症学亚型，包含分不高化ccRCC（CL）良性肿癌、高多样性ccRCC（CH）良性肿癌或者CH组中的肉瘤样特点组（CH-S）、横纹肌样特点组（CH-R），齐头并做了标准化多个学探讨。依据横纹肌样、肉瘤样、多结节性和白色化等对应特点做了4例客户，根据snRNA-seq对11个良性肿癌精彩片段做转录组学良性肿癌内异质性（ITH）探究。鉴于转录组学数据文件，探究看到了良性肿癌和良性肿癌微环镜（TME）区室中的受损癌细胞膜ITH（图1A–C）。肉瘤样多样性是一种种疗效不当的特点，在C3N-00148中呈各个的节段分布点。C3N-00148的趋势探讨证明了各个节点节点中节段的聚集对比，分析预测了seg3中良性肿癌亚群的最后超进化，并聚集了与趋势节点节点相比较应的Hippo数字信号环路（图1D）。在C3N-01287中看到的另一个说的是种疗效不当的ccRCC团队机构学表型（横纹肌样）与白色受损癌细胞膜区一样，snRNA-seq将两个良性肿癌特点算作各个的受损癌细胞膜簇采集（图1E）。

图1 单核心RNA-seq图谱检验（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

02、甲基1亚型的DNA高甲基化与BAP1基因变异、低极限生存率相关内容的特征英文相关的英文

DNA甲基化标记符号的失调症被看作是恶性肿瘤发生的最早期案例。现已的泛RCC基因遗传组组实验探讨界面显示，DNA甲基化增大与ccRCC差时愈后内留存强同步（图2A-B）。于是实验探讨人工使用突出列队数据信息进的三步探究，使用DE讲解需求得到了了上浮基因遗传组-UCHL1（图2C），并充分利用进的三步讲解遇到UCHL1抛开包含甲基1亚型外，还与BAP1变异体和wGII-high品目更为明显有关的（图2D-F）。结果，充分利用染料法对UCHL1做好表现（图2I-J）。综合上面的，UCHL1在肾细胞膜癌上都具有需的愈后使用价值。

图2 DNA高甲基化的甲基1亚型的特点（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

03、ccRCC蛋白酶磷酸性反应的变换

为确认ccRCC中的关键的磷硝化作用表演表演通路，本调查借助磷硝化作用蛋清质组学进行分享了对于激酶-底物（K-S）变动的磷硝化作用表演网，其中包含了110例对于DIA的EXP序列门诊病历和103例对于TMT的INI序列门诊病历（图3A）。聚类分享法性进行分享发觉每种主要的的ccRCC磷硝化作用蛋清质组亚型（P1-P4），并借助PTM-SEA42进行分享探求了磷酸亚型的不一显著特点（图3B-C）。不仅，调查发觉AZD-1775、TAK-228和Trametinib对体细胞系表演出较高的遏制反应迟钝，而Everolimus和Gefitinib对其磷硝化作用对应表演的直接影响最窄（图3D）。

图3 磷过酸血清质组学浅析（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

04、分不高化ccRCC和高细胞分化ccRCC血清糖基化的修改

癌证肺部癌肿细胞表明蛋清的异样糖基化是可以应响种种生物工程功能模块，本研究介绍完成完正糖肽（IGPs）蛋清质组学介绍设定了ccRCC肺部癌肿和NATs中5一调整的IGPs和13一再降的IGPs（图4A）。之中，存在四个糖蛋清（FN1、FBLN5、BGN和TNC）的四个IGPs主要是表现出分别肺部癌肿和非肺部癌肿团体的效率（图4B）。调整的糖肽丰富岩藻糖或吐沫酸-岩藻糖聚糖，而再降的糖肽丰富高聚糖、吐沫酸聚糖或别的聚糖。糖肽丰度在蛋清质水愉悦糖基化双方面都接受不同的聚糖的调（图4C-D）。与此同时，给出数值介绍发掘了ccRCC七种主要是的糖蛋清质组亚型、6个完正的糖肽簇各种HYOU1充当效果符号的价值（图4E-G）。

图4 全版糖肽蛋清质组学数据分析（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

05、分不高化ccRCC和高多样性ccRCC的排泄优点

肾癌与产生率物的更改密切联系对应，自己编程学习的肉瘤产生率是癌症复发的同一个重要的标志图片，主要的的表现为产生率物丰度和组合而成的更改。因而，探究者们对550个ccRCCs和6个NATs的各式产生率行业的183种产生率物完成了高置信度的考评，知道精致别肉瘤和低级别肉瘤的产生率的特点有正对应性不一致性（图5A-C）。结合实际产生率组学和核蛋白DNA组学关察到精氨酸和脯氨酸产生率的正对应性变，还有产生率物和对应酶的精氨酸微生物人工和车用尿素嵌套循环（图5F）。因为几组学具体分析知道50个肉瘤有47个产生 特殊的定量分析的特点，得出结论ccRCC中突出的瘤间异质性（图5H）。

图5 靶向治疗产生组学概述（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

这篇个人心得体会

这一探析根据集体方面的问题学和多个学分折了肾生殖上皮细胞系癌特色体制。但其中，集体学异质性的观测毕竟与不确定性的氧分子式异质性频繁一些，但氧分子式异质性也不符了在探及集体程度上观测到的时间范围。本探析分析了肾生殖上皮细胞系癌的淀粉酶质组学特色，为进第一步探析给出了多种的动态数据，能促进改革诊治探析的转化率，以提高慢性型肾生殖上皮细胞系癌病患者的愈后。

拜谱微生物个人总结

为了获得最全面的ccRCC肿瘤的信息，本研究通过多组学分析的手段整合了ccRCC不同的组织学特征，揭示了驱动ccRCC的分子机制，并为选择有效的治疗手段提供参考。拜谱生物作为组学领域的领军企业，最新引进了Orbitrap Astral质谱仪，并更新升级了DIA降钙素原检测蛋清质组、磷过酸遮盖蛋清质组、齐全糖肽蛋清质组学、半胱氨酸遮盖蛋清质组等蛋清组学的服务，为多组学联合分析打下坚实的基础，欢迎大家咨询！

对比论文文献综述：Li Y, Lih TM, Dhanasekaran SM, et al. Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness. Cancer Cell. 2023;41(1):139-163. doi: 10.1016/j.ccell.2022.12.001.